SCOP

A base de datos SCOP (Structural Classification of Proteins, Clasificación Estrutural de Proteínas) realiza unha clasificación das proteínas baseada en dominios estruturais en gran medida feita manualmente elaborada de acordo coas semellanzas das súas estruturas e secuencias de aminoácidos. Unha motivación para facer este tipo de clasificación é determinar as relacións evolutivas entre proteínas. As proteínas que teñen as mesmas formas pero teñen pouca semellanza nas súas secuencias ou funcións sitúanse en diferentes "superfamilias", e considérase que o seu antepasado común está moi distante. As proteínas que teñen a mesma forma e algunha semellanza nas secuencias ou funcións sitúanse en "familias", e considérase que teñen un antepasado común próximo.

A base de datos SCOP é accesible gratuitamente en Internet. SCOP creouse en 1994 no Centre for Protein Engineering e no Laboratory of Molecular Biology ambos os dous de Inglaterra.^[1] Primeiro encargábase do seu mantemento Alexey G. Murzin e outros colegas no Centre for Protein Engineering ata que se pechou en 2010 e despois no Laboratory of Molecular Biology en Cambridge, Inglaterra.^[2]^[3]^[4] En 2012 apareceu SCOPe, que estaba máis automatizada. En xaneiro de 2014, cesaron os trabalos en SCOP e a última versión oficial de SCOP é a 1.75 (que saíra en xuño de 2009). Non obstante, púxose a disposición do público unha nova base de datos chamada Structural Classification of Proteins 2 (SCOP2), que substituirá a SCOP. A base de datos SCOP2 define un novo enfoque para a clasificación de proteínas que é esencialmente diferente do que tiña SCOP, pero que mantén as súas mellores características.

↑ Andreeva, A.; Howorth, D.; Chandonia, J. -M.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J. P.; Chothia, C.; Murzin, A. G. (2007). "Data growth and its impact on the SCOP database: New developments". Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D419–D425. PMC 2238974. PMID 18000004. doi:10.1093/nar/gkm993.
↑ Hubbard, T. J.; Ailey, B.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (1999). "SCOP: A Structural Classification of Proteins database". Nucleic Acids Research 27 (1): 254–256. PMC 148149. PMID 9847194. doi:10.1093/nar/27.1.254.
↑ Lo Conte, L.; Ailey, B.; Hubbard, T. J.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (2000). "SCOP: A Structural Classification of Proteins database". Nucleic Acids Research 28 (1): 257–259. PMC 102479. PMID 10592240. doi:10.1093/nar/28.1.257.
↑ Andreeva, A.; Howorth, D.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J.; Chothia, C.; Murzin, A. G. (2004). "SCOP database in 2004: Refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Research 32 (90001): D226–D229. PMC 308773. PMID 14681400. doi:10.1093/nar/gkh039.

[NAR2007-1] Andreeva, A.; Howorth, D.; Chandonia, J. -M.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J. P.; Chothia, C.; Murzin, A. G. (2007). "Data growth and its impact on the SCOP database: New developments". Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D419–D425. PMC 2238974. PMID 18000004. doi:10.1093/nar/gkm993.

[NAR1999-2] Hubbard, T. J.; Ailey, B.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (1999). "SCOP: A Structural Classification of Proteins database". Nucleic Acids Research 27 (1): 254–256. PMC 148149. PMID 9847194. doi:10.1093/nar/27.1.254.

[NAR2000-3] Lo Conte, L.; Ailey, B.; Hubbard, T. J.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (2000). "SCOP: A Structural Classification of Proteins database". Nucleic Acids Research 28 (1): 257–259. PMC 102479. PMID 10592240. doi:10.1093/nar/28.1.257.

[NAR2004-4] Andreeva, A.; Howorth, D.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J.; Chothia, C.; Murzin, A. G. (2004). "SCOP database in 2004: Refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Research 32 (90001): D226–D229. PMC 308773. PMID 14681400. doi:10.1093/nar/gkh039.

[1]

[2]

[3]

[4]